“十三五”生态环境保护规划是我国编制的第九个五年环境保护规划，与以往的五年规划相比，具有其特殊性。“十三五”时期，我国面临全面建成小康社会的战略节点，环境保护的外部条件和内部动力发生重大变化，国务院要求的规划承载内容和边界也发生重大变化，规划编制难度不同以往，需要坚持战略思维，瞄准问题，突出重点，统筹谋划“十三五”环境保护任务与政策。
尊重新常态下的经济社会发展规律。工业化及其耦合的城镇化是我国环境问题演变的驱动力，中国资源环境问题与经济社会发展阶段密切关联，这既是认识中国环境问题的世界观，也是从根本上解决环境问题的方法论。当前，我国正处于工业化后期向基本实现工业化阶段转型、快速粗放城镇化向存量城镇化、绿色城镇化转型的时期，经济社会发展进入新常态，经济增长明显放缓，稳增长任务艰巨，新旧增长模式拉锯激烈，系统性风险加剧，多重矛盾相互叠加影响。环境保护要基于“十三五”时期经济社会发展的阶段性固有特征，应对这些外部条件的新变化、新转折。
遵循中国生态环境保护中长期战略路线图。我国自“九五”实施总量控制，“十一五”起实施污染物排放总量约束性控制，经过十余年大工程、大治理的不懈努力，主要污染物减排成效明显，4项重点污染物的浓度进入下降通道，部分地区环境质量有所改善。中国环境宏观战略研究针对未来一段时期的环境保护工作，提出了到2020年实现两个有效（即主要污染物排放得到有效控制，环境安全得到有效保障）、到2030年实现两个全面（即污染物排放总量得到全面控制，环境质量全面改善）、到2050年实现两个适应（即环境质量与人民群众日益提高的物质生活水平相适应与现代化社会主义强国相适应）的中国环境战略路线图。从“十一五”“十二五”的环境治理成效来看，环境治理进程基本符合此战略轨迹且在部分方面（如总量控制等）适度超前，“十三五”的环境保护工作应继续遵循此战略路线，瞄定方向，统筹部署。
遵照全面建成小康社会的战略部署。党的十八届五中全会提出了在2020年全面建成小康社会“生态环境总体改善”的环境总体目标，并提出了提高环境质量为核心的要求，标志着从过去十年单一的主要污染物排放总量约束到环境质量作为约束、工作的核心。国外有成功治理经验的国家也是在大规模污染物排放量控制之后转向环境质量目标控制，如美国、英国等发达国家上世纪70年代开始大幅控制二氧化硫排放量，上世纪90年代起转向以降低主要污染物浓度为导向的治理氮氧化物和VOC综合治理。《国民经济与社会发展“十三五”规划纲要》将细颗粒物等大气、水两类环境质量指标首次纳入为生态环境保护领域的约束性指标，是我国环境治理要求的战略性变和环境保护工作的阶段性转段，符合环保治理的发展规律。规划必须围绕提高环境质量这一核心，打好彰显力度和成效的攻坚战，解决大气、水、土壤三大领域若干“刺头”性问题，增加绿色产品有效供给。
全面贯彻落实五中全会和《纲要》要求，突出绿色发展引领。五中全会将绿色发展作为五大发展理念之一，促进了环境与发展的融合，增强了保护的整体性、系统性、协调性和有效性。从“五位一体”到“五化同步”再到“五个发展”，中国进入了生态文明建设和环境保护取得实质性进展的重要窗口机遇期，这是未来一段时期中国环境保护的最大的形势，也是规划必须要实现的战略意图。规划对五中全会绿色发展的相关内容逐字逐句的落实，以绿色发展理念为引领，贯穿规划各方面，与《纲要》内容紧密衔接。
充分反映生态文明建设要求，突出标本兼治。习指出，建设生态文明是一场涉及生产方式、生活方式、思维方式和价值观念的变革。建设生态文明核心在于要充分反映绿色发展的要求，全过程促进绿色发展，厚植绿色发展动力，加快构建绿色发展的内生机制。基于此，规划着力处理好治标与治本的关系，特别着重突出治本力度。一方面，坚持预防优先，强化环境宏观政策调控，建立环境预防体系，将生态环境保护从末端治理向前端延伸，以生态产品观构建系统的资源约束、空间管控制度，促进从微观治理向宏观调控转变，形成节约资源和保护环境的空间布局、产业结构、绿色生产方式和绿色生活方式。另一方面，建设生态环境治理体系和能力现代化建设两个现代化，将切实提升生态环境治理能力作为“十三五”的硬任务，而不是软措施，重构管径管理体制，加强监测、监管、环保信息建设。
作为三个十条的“施工图”，突出环境质量这一核心。《规划》以改善环境质量为核心作为“十三五”环境保护的主线全面部署。指标设置方面，全面落实《纲要》的环境质量指标的“硬约束”，设置覆盖大气、水、土壤三大要素，涵盖环境质量、主要污染物排放总量控制、环境风险和生态保护四大领域的若干指标。任务设计上，以城市和控制单元质量目标清单管理为抓手，深入实施大气、水、土壤污染防治三大行动计划，确保质量改善落地到人，强化环境质量监测、评估、监督和考核，确保环境优良地区环境质量不退化、不降级，污染严重的地区环境质量明显改善。
将环境治理作为复杂的系统工程角度，突出统筹治理和协同防治。习强调，环境治理是一个系统工程。规划按照系统工程的思路，统筹运用结构调整、治污减排、达标排放等多种手段，实施系统治理、科学治理、精准治理，抓好一批重大行动和重大工程，综合施策，最终做到三个协同，即：强化达标排放、污染减排和风险防范的协同；强化污染防治与生态保护的协同；强化任务措施与工程项目的协同，形成工作合力和联动效应。
当前及更长一段时期，受环境问题长期累积叠加、主要污染物排放接近或超过承载能力等因素影响，受制于资源环境禀赋、能源结构、产业结构等制约，我国环境质量改善进程具有长期性、艰巨性和复杂性的特点。
理性看待环境治理的长期性，制定合理可行的规划目标。国际经验表明，在城镇化率增长变化不大、二产占比变化不明显但人均GDP增长较快的情况下，从开始大规模治理，到污染物排放量以实现大幅削减，发达国家的基本用20-25年的时间将污染物排放量从峰值削减了一半，如美国和英国用了25年使二氧化硫排放总量降低了一半，欧洲用20年的时间使间PM10排放总量总体下降了四成。在污染物排放总量持续削减后，污染物浓度才能进入下降通道，达到环境质量全面改善需要20-30年时间。因此，规划的目标制定要放眼于未来较长时期，尤其是2020年、2030年、2050年经济社会发展重大转型期的发展态势和长周期环境治理战略，“十三五”期间制定阶段性环境目标，满足生态环境可达、经济技术可行、人民群众可期待的“三可”，不做不切实际的攀高。
充分预计环境质量全面改善艰巨性，解决最突出的生态环境问题。在长期粗放的发展模式下，污染长期累积，环境质量改善的难度很大。一是环境容量超载，化学需氧量、氨氮排放量是环境容量的1.6倍、5.6倍，约1/3河道超载，已超过或逼近承载上限，脆弱性、风险性明显加大；二是与国际发达水平、国家标准相比，我国环境质量仍然很差，2015年全国338个地级及以上城市PM2.5浓度50微克/立方米，338个城市中仅76个城市年均值达二级标准，近一半城市内河（湖）存在黑臭水体河段，生态环境已经成为社会需求强烈的稀缺产品。因此，规划面向全面小康的环境要求，一方面通过实施国家事权的重大工程削减污染物排放量，坚持不懈的解决污染物排放量大的问题，另一方面立足于公众更关心的是环境改善结果而非过程的百姓视角，针对老百姓需求强烈、影响恶劣的灰霾、小河小汊黑臭、耕地土壤安全、饮水安全等问题，大小并重地解决“好”“差”两头的环境问题，让老百姓有切切实实的环境质量改善获得感。
妥善处理生态环境问题的复杂性，精准发力、精准治理。“十三五”期间，环境问题将更加复杂，固有的经济长期高速发展、能源结构总煤炭占比高且消费总量大、增量扩张的城镇化发展模式造成的环境问题还未全面扭转，主要污染物排放量大的问题仍未解决，“十三五”时期，PM2.5、臭氧、VOCs等新环境污染问题严峻，生产流通等环节的环境污染与消费等生活型污染相交织，单一治理模式难以实现彻底根治，需要同时解决燃煤、汽车污染、PM2.5问题，我国是在较低的收入水平解决更为复杂的环境问题，用五年时间解决其他国家一二十年才解决的问题，治理成本更高、压力更大。加之我国区域经济发展与环境特征分异大，直接影响地区间资源能源消耗、污染排放及环境质量改善进程。相比于东部地区已经进入工业化后期的发展阶段，西部5省仍处于工业化中期的前半阶段，已现重工业聚集发展、污染严重、生态受损的状况态势。因此，突出区域导向和差别化管理，以“上下协商互动”，以“好差两头”“大小并重”、远近结合、可行可达、分级管理、公众参与为原则，由地方根据差异化环境问题提出的针对性、有效性措施，实施多污染物协同控制，让一部分区域率先达标，其他区域明显改善。
做实环境质量管理制度。“十三五”规划坚持规划编制和任务分解同步推动、自上而下与自下而上相结合，实施环境质量清单式管理，将空气质量改善目标要求分解到338个城市，力争用三个五年左右时间推进珠三角、长三角、京津冀区域空气质量依次达标。水环境质量目标分解到1840个控制单元，针对七大流分别提出针对性目标和措施。同时，稳步推进全国生态环境监测网络建设，实行国家考核、国家监测的事权财权重大调整，实施绩效考核和责任追究，切切实实把三大污染防治行动计划变成一个操作性强的“施工图”。
重构环境治理基础制度。以规划部署改革，以改革推动规划实施，实行最严格的环境保护制度。一是落实政府履职，我国长期存在保护弱、发展强，或者一拨人搞发展、一拨人搞保护，这种负向激励制度是不利于加快补齐生态环境短板。规划提出抓好“关键少数”，实行发展与保护“一岗双责”，倒逼地方党委政府更加积极主动地实现生态环保和经济发展的融合协调。二是落实企业履责，综合运用环境司法、排污许可、信息公开、损害赔偿追责等制度，落实企事业单位的主体责任，将所有固定污染源纳入监管范围，实施行业化、系统性、精细化的全过程管理。三是推动社会共治，提倡公民的绿色生活方式、环保自我行动，鼓励监督，建立社会环境保护社会行动体系。
以重大工程为抓手加大环境治理力度。治污减排要在各领域响应改善质量的要求，从过程控制的角度，强化专项治理、优化制度、突出重点领域、落实重大工程。风险防范突出事前、事中、事后的全过程管理体系建设，核与辐射、重金属、危险废物、化学物质风险防控，牢守环境安全底线。统筹运用结构优化、污染治理、总量控制环保规划、达标排放、生态保护等举措，运用多种手段进行综合治理，实施多污染物协同控制，谋划实施一批重大工程、重大项目和重大政策。
强化污染防治与生态保护联动协同。规划充分落实中央要求，将生态保护与修复内容纳入，以“山水林田湖是生命共同体”的理念为指导，强调保护优先、以“两屏三带”及大江大河重要水系为骨架构建国家生态安全格局，深化国家重点生态功能区和自然保护区监管，系统推进森林、草原、湿地等重要生态系统的保护与修复，统筹考虑生态廊道和生物多样性保护网络、国土绿化、生态治理与山水林田湖生态保护与建设，扩大生态空间，增加生态流量，提高承载能力，提升生态系统稳定性和服务功能。
