健全生态环境保护体系，需要把事前、事中、事后贯通起来，做到纵向到底、横向到边，控源头、管过程、重惩处，有效和促进人与自然和谐共生的现代化。
生态是统一的自然系统，是相互依存、紧密联系的有机链条，生态环境保护是一项系统工程。《中华人民共和国国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》(以下简称《规划纲要》)提出：“坚持绿水青山就是金山银山理念，坚持尊重自然、顺应自然、保护自然，坚持节约优先、保护优先、自然恢复为主，实施可持续发展战略，完善生态文明领域统筹协调机制，构建生态文明体系，推动经济社会发展全面绿色转型，建设美丽中国。”这为健全生态环境保护体系指明了方向、提供了遵循。健全生态环境保护体系，需要把事前、事中、事后贯通起来，做到纵向到底、横向到边，控源头、管过程、重惩处，有效和促进人与自然和谐共生的现代化。
党的十九届四中全会将原本分散的源头预防、过程控制、损害赔偿、责任追究制度为生态环境保护体系，党的十九届五中全会强调完善生态文明领域统筹协调机制。这些重要决策部署，有力推动生态环境保护体系朝着系统集成方向发展。
目前，污染防治方面的体系建构和推动落实工作基本到位，以系统化生态环境保护制度为，我国生态环境保护发生了历史性、转折性、全局性变化。党的十八大以来，生态环境保护在单项制度的基础上，更加重视通过全面深化改革推动体系化建设，强调打好前后呼应、相互配合的 “组合拳”。比如环保工程，在责任追究方面，明责、履责、述责、考责、问责多环节全面推动;在源头预防方面，构建分工清晰、环环相扣的责任清单，促进管发展就要管环保、管生产就要管环保、管行业就要管环保;在过程管理方面，强化环境保护、自然资源管控、节能减排等约束性指标管理，及时公布环境质量目标任务完成情况;在后果问责方面，推动中央生态环境保护督察向纵深发展，强调环境司法，强化威慑力。再如，源头预防注重从结构、布局等经济社会宏观层面解决生态环境保护根本性问题;过程控制注重从节能降耗、污染减排等方面解决生产生活环节的绿色化问题;损害赔偿和责任追究注重从经济成本内部化、“关键少数”行为追责和后果追责两个角度协同解决末端结果问题。无论单项制度，还是源头预防、过程控制、损害赔偿、责任追究4个环节，都向着体系化方向发展，并且各就其位、各负其责，能够达到整合，可以实现乘法效应。
也要看到，我国生态环境保护体系建设仍存在一些亟须补齐的短板，如源头预防的约束力尚未充分发挥，过程控制中排污许可证与其他环境管理制度的衔接有待进一步加强，生态环境保护责任还不够严明。加之体系化建设启动时间不够长，有的地方和部门在操作落实上缺乏整体思维，相关制度措施的系统性、整体性、协同性尚未充分显现。加快补齐短板，需要进一步强化生态环境保护体系化建设，坚持问题导向全面深化改革，坚持目标导向进行需求分析，坚持效果导向强化集成创新。一方面，从制度政策作用对象出发，按时间或流程次序梳理分析不同要求，克服制度政策之间不匹配问题，强化系统联系，努力实现协同增效、整体最优。另一方面，结合新形势新要求强化顶层设计，在系统化上下功夫，强化制度供给，不搞“单打独斗”。同时，必须狠抓制度执行，在制度执行环节形成配套措施安排，把管用适用作为体系化建设的判断标准，切实推动制度落地见效。
1.发挥制度政策体系合力。充分发挥生态环境保护制度体系合力，重在做到系统集成，追求整体最优。
2.形成环境与经济内生融合机制。加强源头预防，建立健全“三线一单”生态环境分区管控体系，进一步拓展中央生态环境保护督察的覆盖面，促进经济社会发展与生态环境保护相协调。
3.构建全过程防治体系。实现全过程污染防治，实施排污许可制，有机衔接各项生态环境保护法律法规，促进信息和数据高度高效共享。
