各省、自治区、直辖市环境保护厅（局），新疆生产建设兵团环境保护局，辽河保护区管理局，各派出机构、直属单位：
为贯彻落实《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》、《国家环境保护“十二五”规划》和《国务院关于加强环境保护重点工作的意见》，大力推进生态文明建设，加强生态保护工作，维护国家和区域生态安全，我部组织编制了《全国生态保护“十二五”规划》。现印发给你们，请参照执行。
为贯彻落实《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》、《国家环境保护“十二五”规划》和《国务院关于加强环境保护重点工作的意见》，加强我国生态保护工作，维护国家和区域生态安全，提高生态文明建设水平，制定本规划。
党中央、国务院一直高度重视生态保护工作，将维护国家生态安全、改善生态环境作为生态文明建设的重要基础。“十一五”以来，各级政府和有关部门采取了一系列保护和综合治理措施，持续加大生态保护力度，生态保护工作取得明显成效，我国生态环境整体恶化态势趋缓，局部地区生态环境呈现改善的势头。
国家重点生态功能区保护得到进一步加强。《全国主体功能区规划》、《全国生态功能区划》、《国家重点生态功能保护区规划纲要》和《全国生态脆弱区保护规划纲要》先后颁布实施，加强国家重点生态功能区保护和管理成为我国生态保护的战略任务，甘南黄河水源补给生态功能区等重要生态功能区开展了综合治理。自然生态系统保护与恢复力度不断加大，各类生态系统及生态系统服务功能对气候变化的响应和反馈研究工作全面铺开。
资源开发的生态监管不断加强。国务院颁布实施《规划环境影响评价条例》，相关部门联合印发《关于切实做好全面整顿和规范矿产资源开发秩序工作的通知》、《关于防范尾矿库垮塌引发突发环境事件的通知》和《全国生态旅游发展纲要》等重要文件，加强了矿产资源和旅游资源开发的生态保护和监管。
生态补偿政策实践取得积极进展。环境保护部颁布实施《关于开展生态补偿试点工作的指导意见》，积极参与和推动生态补偿立法。财政部印发《国家重点生态功能区转移支付办法》，2010年，对451个县实施了国家重点生态功能区转移支付。浙江、宁夏、海南、江西等多个省（区）开展省域内的生态补偿政策实践探索。跨省新安江流域水环境补偿试点于2010年底启动。
生态环境监测工作全面启动。逐步开展全国生态环境监测与评价工作，以及太湖、巢湖、滇池及三峡库区的藻类水华监测工作。国家重点生态功能区县域生态环境状况评价工作、河流健康评价体系研究工作以及汶川灾后和玉树震后的生态环境评估、保护和恢复工作先后开展。
生物多样性保护工作机制进一步健全。成立中国生物多样性保护国家委员会，完善中国履行《生物多样性公约》工作协调组和生物物种资源保护部际联席会议制度。发布实施《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》和《中国生物多样性保护战略与行动计划》，部署今后一个时期的生物多样性保护工作。成功开展2010国际生物多样性年中国活动。
生物物种资源保护工作进一步加强。环境保护部联合相关部门开展了全国重点生物物种资源调查，完成了相关物种编目和调查报告，指导31个省（区、市）开展生物多样性评价，生物多样性科研和监测能力得到提升。
生物安全管理进一步完善。建立外来入侵物种防治协作机制，开展外来物种调查和治理除害工作，对黄顶菊、薇甘菊、福寿螺、紫茎泽兰等22种具有重大危害的农业外来入侵种进行了全面普查。联合中科院发布《中国第二批外来入侵物种名单》。在重点地区开展重点转基因作物环境释放及其潜在危害的监测调查，联合国家质检总局制定《进出口环保用微生物菌剂环境安全管理办法》、《环保用微生物菌剂检测规程》等。
国际合作与交流取得成效。积极履行国际公约，提交了多次履约报告，顺利履行了有关国际公约的各项规定义务。积极参与国际谈判和相关规则制定，开展中国-欧盟生物多样性项目（ECBP）等一系列合作项目，加强与相关国际组织和非政府组织在保护政策和技术方面的合作与交流。
自然保护区的布局体系初步建立。“十一五”期间，新建各类自然保护区192处，新建国家级自然保护区76处。到2010年底，我国已经建立2588个自然保护区（不含港澳台地区），总面积为149.4万平方公里，陆地自然保护区面积约占陆地国土面积的14.9%，其中，国家级自然保护区为319个，面积约93万平方公里。已初步建立了布局较为合理、类型较为齐全的自然保护区体系，85%的陆地生态系统类型、40%的天然湿地、85%的野生动物种群、65%的野生植物群落，以及绝大多数国家重点保护珍稀濒危野生动植物和自然遗迹都在自然保护区内得到了保护。
自然保护区的监督管理进一步完善。国务院办公厅出台了《关于做好自然保护区管理有关工作的通知》，环境保护部制定实施了《关于加强自然保护区调整管理的通知》、《国家级自然保护区规范化建设和管理导则（试行）》等管理规章和技术规范。健全了国家级自然保护区评审工作机制。强化涉及保护区开发建设活动监管，严格自然保护区项目准入，组织开展了国家级自然保护区的联合执法检查和管理评估。
生态示范建设蓬勃发展，全国已形成生态示范区、生态建设示范区、生态文明建设试点三个梯次系统推进生态文明建设的工作体系，三个阶段既相互联系，又循序渐进，标准逐级提高。“十一五”以来，分四批命名了362个生态示范区。15个省（区、市）开展了生态省（区、市）建设，1000多个县（市）开展了生态县（市）建设，38个地区获得国家生态县（市、区）命名，15个园区获得国家生态工业示范园命名。53个生态文明建设试点开展了生态文明建设目标模式、推进机制方面的探索。
生态示范建设管理工作不断完善。印发《关于进一步深化生态建设示范区工作的意见》、《关于推进生态文明建设的指导意见》、《关于开展国家生态工业示范园区建设工作的通知》等文件，以及《国家生态建设示范区管理规程》和《国家生态市、生态县（市、区）技术资料审核规范》，修订了《生态省（市、县）建设指标》，开展了生态文明示范区建设指标体系的研究工作。
尽管我国生态保护工作取得积极进展，但我国生态环境整体恶化的趋势仍未得到根本遏制。
全球气候变化以及一些地区不合理开发活动，导致部分重要生态功能区森林破坏、湿地萎缩，河湖干涸，水土流失、荒漠化和草原退化严重，部分区域生态功能仍在退化。目前，全国水土流失面积达356万平方公里，年均土壤侵蚀量高达45亿吨。2009年，全国荒漠化土地总面积262.4万平方公里。全国约90%的天然草地存在不同程度的退化。重要生态功能区的生态环境继续恶化，将严重影响我国经济社会可持续发展和国家生态安全。
我国野生高等植物濒危比例达15%-20%，裸子植物和兰科植物高达40%以上；野生动物濒危程度不断加剧，233种脊椎动物面临灭绝，约44%的野生动物呈数量下降趋势。遗传资源不断丧失和流失，部分珍贵和特有的农作物、林木、花卉、畜、禽、鱼等种质资源流失严重，一些地方传统和稀有品种资源丧失。外来入侵物种严重威胁我国的自然生态系统，初步查明我国有外来入侵物种500种左右，每年造成的经济损失约1200亿元。
自然保护区空间布局和结构不尽合理，部分地区自然保护区覆盖不足，部分自然保护区存在面积、范围、功能分区等不合理现象。开发建设活动对自然保护区的压力加大，部分自然保护区被非法侵占。部分自然保护区核心区、缓冲区原住民较多，对自然保护区的保护效果造成影响。
生态环境统一监管能力有待提高。生态保护的法律法规和标准规范体系尚需完善，生态环境管理体制不顺，国家重点生态功能区、生物多样性保护优先区、自然保护区的综合管理机制还需建立健全，区域生态保护与资源开发的矛盾仍较为突出。
生态保护能力建设滞后。人员队伍、技术力量薄弱，生态监测技术体系与评价方法、规范标准建设落后，国家重点生态功能区、自然保护区、生物多样性保护优先区的生态监测和评估体系滞后，生态环境监测与评价工作亟待加强。
生态保护投入严重不足，生态保护日常的监督、管理和运行维护费用尚未落实，国家重点生态功能区、自然保护区的管护设施设备建设滞后。生态补偿机制尚需完善。
一些地方的生态示范建设认识不足，创建工作对各领域的协调发展统筹不够，需更加紧密地与落实科学发展观、“两型”社会建设相结合。部分地区生态保护的意识和认识亟需提高。生态功能综合保护和生态系统综合管理的理念尚需进一步融入到经济社会发展大局。生态建设示范区管理尚需进一步完善。
未来5年，我国传统的粗放经济增长方式难以快速彻底扭转。随着经济增长和人口增加，资源能源消耗和人为活动干扰对生态环境的压力将不断加大，产业布局和产业结构与生态环境承载力不匹配、不协调的矛盾依然突出，产业转移和资源开发对部分生态脆弱地区可能产生新的生态破坏。人民群众对生态服务的需求不断提高。同时，全球气候变化的不确定性影响愈发明显，生态系统更加脆弱，进一步影响了生态环境对经济社会可持续发展的支撑能力。国际履约压力不断加大，关于增加我国环境保护国际责任的呼声日益增强，履行国际公约的任务将愈发艰巨。
在存在不足和压力的同时，我国生态保护工作也面临着重大的历史机遇。党的提出建设生态文明的战略任务，十八大把生态文明建设放在突出地位，融入经济建设、政治建设、文化建设、社会建设各方面和全过程，成为中国特色社会主义建设“五位一体”总体布局的重要组成部分，为生态保护工作提供了有力的政治保障。《国务院关于加强环境保护工作的意见》、《全国主体功能区规划》、《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》、《国家环境保护“十二五”规划》、国家第七次环保大会等重要文件、会议确立了保护生态环境，加快建设资源节约型、环境友好型社会，以及促进经济发展与人口、资源、环境相协调的总体思路，为生态保护服务经济社会发展大局以及将生态环境监管贯穿于资源开发和经济发展的全过程和各领域提供了难得的历史机遇。
深入贯彻落实科学发展观，大力推进生态文明建设，以维护国家生态安全、改善生态环境为目标，以严格生态环境监管和环境准入为手段，加强国家重点生态功能区、自然保护区、生物多样性保护优先区的保护和管理，保护和恢复区域主要生态功能，严格监管资源开发活动和生态环境准入，预防人为活动导致新的生态破坏，深化生态示范建设，构筑生态安全屏障，为全面建成小康社会奠定基础。
保护优先，预防为主。加强生态环境监管，以生态环境承载力为基础，规范各类资源开发和经济社会活动，防止造成新的人为生态破坏和生物安全问题。同时，要坚持治理与保护、建设与管理并重，使各项生态环境保护措施与建设工程长期发挥作用。
统筹规划，突出重点。与《国民经济和社会发展“十二五”规划》、《全国主体功能区规划》等国家重大发展战略、重大规划相衔接，统筹考虑近远期、城乡间的生态保护需要，突出抓好国家重点生态功能区、自然保护区和生物多样性保护优先区的建设、管理、评估等重点问题。
统一监管，各司其职。充分发挥环保部门在生态保护统一监管的职能，加强与相关部门的协调和衔接，推动相关部门各负其责、齐抓共管，共同推进生态环境保护与建设工作。
政府主导，社会参与。政府相关部门发挥主导作用，通过制定法规标准、保障投入、提高能力，加强重要领域与重点区域的生态保护和监管。建立健全政策和机制，鼓励社会团体和公众参与生态环境保护。
到2015年，生态环境监管水平明显提高，重点区域生物多样性下降趋势得到遏制，自然保护区建设和监管水平显著提升，生态示范建设广泛开展，生态文明建设试点取得成效，国家重点生态功能区得到有效保护，生态环境恶化趋势得到初步扭转。
具体工作目标包括：初步建立起以生态环境质量监测与评估为核心的生态监管体系；完成25个国家重点生态功能区的动态评估，初步建立国家重点生态功能区生态环境保护和管理的政策和标准体系；陆地自然保护区面积占陆地国土面积比例稳定在15%左右；90%的国家重点保护物种和典型生态系统类型得到保护，80%以上的就地保护能力不足、野外现存种群量极小的受威胁物种得到有效保护；建成生态县（市、区）不少于50个，生态市不少于10个，力争个别地区基本达到生态文明建设示范区的要求，2－3个跨行政区域建成协同高效的生态文明联动机制，1－2个行业制定实施生态文明建设示范标准；建设50家特色鲜明、成效显著的国家生态工业示范园区。
通过生态省、市、县、生态工业园区建设夯实生态文明的建设基础，以生态市、县、生态工业园区建设为重点推动区域生态环境、经济发展和社会进步良性互动。按照四个“80%”的体系要求①，做好生态示范建设的细胞工程。
加强分类指导，实行分级管理，推动不同地区有重点地开展生态省、市、县、生态工业园区建设工作。东部发达地区以及工作开展较早的地区继续深化各项工作，加大创建力度。中西部地区以及建设工作尚处于起步阶段的地区加强创建工作的组织和协调，编制并实施生态市、县建设规划，建立工作机制，推动创建工作取得实效。省级和市级环保部门加强对生态市、县、乡镇、村以及生态工业园区建设工作的指导、管理和评估。加强对已获命名生态建设示范区的监督管理，逐步建立健全生态建设示范区动态管理和奖惩机制。
整合资源，形成合力，开展生态文明建设试点工作。扩大生态文明建设试点范围，已经建成生态市、县的地区，自动成为国家生态文明建设试点；丰富生态文明建设试点类型，逐步开展跨行政区和行业生态文明建设试点，形成行政区、跨区域、多行业相结合的多层次生态文明建设试点体系。
颁布实施生态文明示范区指标体系。试点地区要科学编制生态文明建设规划，要建立规划实施的定期监督检查制度，严格规划建设目标与任务的责任考核，保障建设任务如期完成。
引导典型区域生态文明联动建设试点。在环太湖地区以及长沙大河西先导区开展跨行政区协调联动的生态文明建设，并逐步扩大试点区域。探索跨行政区生态文明建设的协调机制，支持区域联合制定生态文明建设规划。建立区域协调发展的机制，统筹区域产业布局和生态环境保护，统一开展规划环评，促进区域产业互补和错位发展。建立区域生态环境保护协调机制，推动区域生态环保基础设施的共建共享和优势互补。探索建立区域生态补偿机制。建立环境一体化监管体系和环境信息共享机制。
启动重点行业生态文明建设试点，推动生态文明生产方式的形成。研究制定煤炭、建筑、旅游等行业生态文明建设示范标准，建立与相关部门、行业协会共同推进生态文明建设的互动工作机制。推动建设行业生态文明示范基地、生态文明技术中心和生态文明推广中心，开展相关技术、产品、管理的交流以及推广应用。对旅游业、服务业等重点行业推广节水节能低污染或无污染技术及产品，减少环境污染和生态破坏。
研究制定生态文明水平评估办法，逐步在全国范围开展省级生态文明水平评估，动态反映一定时期各省、自治区、直辖市，以及副省级城市的生态文明水平。在全国统一评估体系的基础上，推动各省（区、市）深化、细化地方生态文明水平评估方法与标准，建立自上而下、一级评一级的生态文明评估格局，促进形成上下联动、共同推进生态文明建设的局面。
实施《中国生物多样性保护战略与行动计划（2011-2030年）》和《全国生物物种资源保护与利用规划纲要（2006-2020年）》，加大生物多样性保护投入，切实将战略与行动计划和规划纲要确定的重点任务和优先项目落到实处。推动各地编制完成和发布省级生物多样性保护战略与行动计划，明确本地区的保护目标、重点任务和优先领域。
明确35个生物多样性保护优先区域的具体范围和保护重点。组织开展优先区域生物多样性调查和评估，查清8-10个优先区域本底状况，分析存在的问题，提出对策措施，初步建立生物多样性监测评估和预警体系。
开展生物多样性保护、恢复和减贫示范。在自然本底状况较好、生物多样性丰富的区域，开展生物多样性保护示范，探索保护与发展双赢模式。在生物多样性重要、生态环境脆弱敏感但已经受到不同程度破坏的区域，开展恢复示范工程，探索社区公众参与的生物多样性恢复模式。在生物多样性丰富的贫困地区，开展减贫示范工程，通过生物多样性的可持续利用，提高发展水平，探索保护、发展和减贫相互促进的管理模式。在人类活动强度较大的、未采取保护措施的重要野生植物遗传资源分布地、重要生物廊道、野生动物迁徙停歇地等敏感区域，研究建立生物多样性保护小区予以保护。“十二五”期间，力争建立30-50个生物多样性保护小区和10-15个生物多样性保护、恢复和减贫示范点。
完善生物物种资源出入境制度。编制生物物种资源出境管理名录，严格控制珍稀、濒危、特有以及具有重要生态或经济价值的野生生物物种出境。探索建立生物资源采集、运输、交换等环节的监管制度。加强生物物种资源迁地保护场所的监管。逐步建立生物遗传资源获取和惠益分享制度，加强与遗传资源相关的传统知识调查和整理，逐步实现文献化、数据化。
加强转基因生物、外来入侵物种风险管理。制订转基因生物环境释放环境风险评价导则，科学评估转基因生物对生态环境和生物多样性的潜在风险。建立转基因生物环境释放监管机制，组织开展转基因生物环境释放跟踪监测。开展自然环境中外来物种调查和风险评估，建立数据库，构建监测、预警和防治体系。认真落实《进出口环保用微生物菌剂环境安全管理办法》，出台环保用微生物环境安全评价技术导则，加大进出口环保用微生物的环境安全监管力度。
积极参加《生物多样性公约》及其议定书的相关会议和谈判，切实维护国家权益。组织开展“联合国生物多样性十年中国行动”。组织开展生物多样性适应气候变化、生物燃料生产、海洋与海岸生物多样性保护、公海保护区、遗传资源获取和惠益分享、转基因生物跨境转移环境影响等国际履约热点问题的跟踪研究，为履约工作提供支撑。加强南北合作和南南合作。
实施自然保护区规范化建设和管理。进一步理顺自然保护区的管理体制，健全自然保护区的管理机构，加大经费投入。完善分级分类自然保护区规范化建设标准，选择一批国家级自然保护区开展示范建设，完善基础设施，健全管理机构和人员队伍，通过典型示范，全面带动自然保护区提高管护水平。在自然保护区开展原住民自愿、政府鼓励的生计替代示范。
继续开展全国自然保护区基础调查与评价工作。对所有国家级自然保护区的边界范围和功能区划进行确认并向社会公布，推动土地确权。进一步加强自然保护区综合科学考察工作，对前次综合科考已满10年的自然保护区，系统开展一次科学考察，到2015年，70%以上的国家级自然保护区和40%左右的省级自然保护区按要求完成科学考察。开展保护区数字化工程，制定数字化规范标准，建立全国自然保护区综合管理信息系统。
积极推进中东部地区自然保护区发展，在继续完善森林生态系统自然保护区布局的同时，将河湖、海洋和草原生态系统及地质遗迹、小种群物种的保护作为新建自然保护区的重点。按照自然地理单元和物种的天然分布对已建自然保护区进行整合，通过建立生态廊道，增强自然保护区间的联通性。探索新建自然保护区的新机制，优化自然保护区空间布局。推动跨界自然保护区建设，加强与周边国家的合作交流。
完善自然保护区管理评估制度，逐步开展地方自然保护区的管理评估。构建“天地一体化”自然保护区监控体系，对自然保护区内自然生境变化开展生态监测，对开发建设等人类活动及其影响实施严格的监督管理。继续加强对自然保护区执法检查，对自然保护区典型违法违规问题进行通报或挂牌督办。探索建立自然保护区工作考核和责任追究制度。
在重要（点）生态功能区、陆地和海洋生态环境敏感区、脆弱区等区域划定生态红线，会同有关部门共同制定生态红线管制要求，将生态功能保护和恢复任务落实到地块，形成点上开发、面上保护的区域发展空间结构。研究出台生态红线划定技术规范，制定生态红线.加强重点生态功能区保护和管理
以重点生态功能区保护和管理为抓手，加强青藏高原生态屏障、黄土高原－川滇生态屏障、东北森林带、北方防沙带和南方丘陵地带以及大江大河重要水系的生态环境保护，推动形成“两屏三带多点”的生态安全战略格局保护与建设，加大对水质良好或生态脆弱湖泊，以及生态敏感区、脆弱区的保护力度，从源头上扭转生态环境恶化趋势。启动和实施5个左右国家重点生态功能区的保护和管理试点。严格区域环境准入，根据不同类型的生态功能保护和管理要求，制定实施更加严格的区域产业环境准入标准，制定发布各类重点生态功能区限制和禁止发展产业名录，提出更严格的生态保护管理规程与要求，提高各类重点生态功能区中城镇化、工业化和资源开发的生态环境保护准入门槛。
严格重点生态功能区的环境影响评价，在区域开发规划、行业发展规划以及建设项目的环境影响评价中强化开发建设活动对区域主要生态功能的影响评估。制定并严格执行建设项目生态保护与恢复治理方案，减少对自然生态系统的干扰，保证生态系统的稳定性和完整性。建立健全关于重点生态功能区环境影响评价的区域限批制度。
加强重点生态功能区生态综合评估。制定国家重点生态功能区生态保护综合调查与评价指标体系，建立区域生态功能综合评估机制，强化对区域生态功能稳定性和提供生态产品能力的评价和考核，定期评估主要生态功能的动态变化。
开展全国生态环境十年变化（2000-2010年）遥感调查与评估。摸清全国生态环境现状，系统获取全国生态环境十年动态变化信息，评估和阐述十年来全国、省域和典型区域的生态系统分布、格局、质量、服务功能等状况及其变化，编制中国生态环境十年变化国家报告。深入分析生态环境变化特征及其胁迫因素，揭示存在的主要生态环境问题，提出我国生态环境保护的对策与建议。推进建立定期开展全国生态环境状况调查评估体制机制。以十年评估成果为基础，完善我国生态环境监测与评估体系建设。加强生态保护相关领域的基础调查、监测、评估能力建设。健全卫星环境监测体系，整合、建立和完善地面生态系统观测站点，全面构建“天地一体化”的生态环境调查监测评估体系。加强人员培训，壮大专业队伍。全面开展生物多样性、外来有害物种等生态监测。建立国家重点生态功能区生态监测方法和技术体系，开展区域生态系统结构和功能的连续监测和定期评估。
启动全国易灾地区县域生态环境质量评估，开展易灾地区生态环境功能调查评估，全面摸清易灾地区生态环境背景状况，提出洪涝、山洪、泥石流、滑坡、崩塌等山洪地质灾害的生态减灾综合对策，保障易灾地区生态安全。适时启动国家森林公园和国家级风景名胜区生态功能状况评估试点。
结合流域规划，编制流域生态健康行动计划，探索建立流域生态健康评价标准和制度，努力推动建立流域生态保护的新理论和新方法，促进经济社会发展与流域生态承载能力相适应，维持健康的流域生态系统。在西部和北方水资源短缺地区，加强限制高耗水产业发展。加强水电开发规划、建设和管理过程中的生态环境监管。建立健全水资源开发的生态补偿机制。
严格矿产资源开发生态环境监管。以稀土、煤炭等为突破口强化矿产资源开发生态保护执法检查与评估，严格控制破坏生态系统的开发建设活动。对资源开发活动的生态破坏状况开展系统的调查与评估，制定全面的生态恢复规划和实施方案，监督企业对矿山和取土采石场等资源开发区、次生地质灾害区、大型工程项目施工迹地开展生态恢复。加强生态恢复工程实施进度和成效的检查与监督。加强对矿产开发造成生态破坏的评价和监管，防止突发环境事件发生。强化旅游资源开发活动的生态保护。加大旅游区环境污染和生态破坏情况的检查力度，做好旅游规划中有关环境影响评价的审查、指导、督促工作，重点加强对重点生态功能区和生态敏感区域旅游开发项目的环境监管。会同相关部门共同推动国家生态旅游示范区建设，完善生态旅游示范区管理办法和配套制度。推动建立健全地方性的规章制度和标准办法，规范旅游开发活动。
为实现规划目标和落实规划主要任务，“十二五”期间，要实施好生态文明示范建设重点工程、生物多样性保护重点工程、自然保护区管护重点工程和区域生态功能保护重点工程等四大工程。要充分利用市场机制，形成多元化的投入格局，确保工程投资到位。工程投入以地方各级人民政府和企业为主，中央政府区别不同情况给予支持。
生态文明示范建设工程。包括生态市、生态县、生态工业示范园区建设、生态文明建设试点、跨行政区的生态文明连片建设、行业生态文明建设试点、生态文明水平评估等工程。生物多样性保护重点工程。
包括生物多样性保护优先区域调查和评估，生物多样性保护示范区、恢复示范区、减贫示范区建设，生物物种资源保护与监管，遗传资源获取和惠益分享，生物安全管理等工程。自然保护区管护工程环保规划。
包括自然保护区规范化建设、国家级自然保护区监控和评估、国家级自然保护区数字化建设、自然保护区布局优化等工程。生态功能保护工程。
包括生态红线划定与管理、国家重点生态功能区保护和管理试点、生态环境地面定位监测站建设、生态环境十年（2001－2010）遥感调查和评估、易灾地区生态综合评估、流域生态健康评估和管理、资源开发生态环境监管等工程。
积极推动国家重点生态功能区于自然保护区建设和管理、生物多样性保护等重点领域立法，进一步健全相关法律法规。研究制定生物遗传资源获取和惠益分享管理办法、转基因生物环境释放安全管理办法、外来入侵物种环境管理办法、养殖业应用微生物环境安全管理办法等部门规章。
充分发挥生物多样性保护国家委员会、中国履行《生物多样性公约》工作协调组、生物物种资源保护部际联席会议制度、国家级自然保护区评审委员会等现有的部门合作机制，完善部门协调机制，促进部门间协同联动与信息共享。建立完善生态文明建设的部门协作机制。建立健全相关部门共同参与、分工负责的国家重点生态功能区保护和管理协调机制和绩效考核体系与办法。完善自然保护区建立、调整、评审、评估等工作机制。针对资源开发引起的生态环境保护等问题，联合相关部门建立定期或年度的部门联合执法检查制度。
推动有关部门不断完善国家重点生态功能区转移支付政策，加大对国家重点生态功能区财政转移支付力度，扩大覆盖范围，提高转移支付资金用于生态环境保护的比例，明确受补偿地区和行业的生态保护责任和目标。加大对中西部地区和民族自治地方生态保护的转移支付力度。推动建立自然保护区和生物多样性保护优先区的生态补偿专项资金。参与并推动制定实施生态补偿条例。继续推进流域生态补偿试点工作，支持地方建立流域上下游市场化的生态补偿机制。以《全国主体功能区划》和《全国生态功能区划》为基础，制定差异化的生态保护管理政策。推动重大区域性和行业性发展决策开展战略环境影响评价。
推动加大自然保护区和生物多样性保护投入。推动各级政府把生态保护和监管列入各级财政年度预算并逐步增加投入。完善市场化投融资机制，推动建立国家、地方、企业和社会的多渠道投入的机制。推动制定和实施有利于生态保护和建设的财税政策，鼓励和吸引国内外民间资本投资生态保护。加强与其他国家、国际组织的生态保护合作，健全生物多样性和生态系统服务政府间科学-政策平台（IPBES），积极引进国外先进的生态保护理念、管理模式、技术和资金，推动我国生态保护工作。
加强实施水体污染控制与治理科技重大专项，实现“减负修复”核心关键技术突破。加强重点领域的基础研究和科技攻关，加强对科研院所的科研能力建设支持，优先安排重大生态环境问题与关键技术科研课题。加强国际科技合作与交流。对经实践验证具有较好效果的成熟技术模式，进行推广与应用。推动设立生态保护科技重大专项，重点开展重点生态功能区保护和建设的方法与技术模式、生物多样性与生物安全支撑技术、生态产业发展、生态修复技术、生态系统监测评价等关键技术的研究。开展大型、特大型城市以及城市群的生态保护和生态安全问题的研究。
深入开展生态环境国情、国策教育，加强面向社会的宣传教育，广泛动员公众参与生态环境保护。发挥新闻媒体的宣传和监督作用，积极宣传生态保护相关方针政策、法律法规。在世界环境日、国际生物多样性日等重要时期，精心组织自然生态保护宣传教育活动。制定并完善生态保护的公共参与政策，鼓励公众参与生态环境保护与监督。充分发挥相关社团组织的桥梁纽带作用，动员社会各方力量共同推进生态保护与建设工作。附表：“十二五”生态保护重点工程（略，详情请登录环境保护部网站）
①生态省应有80%的市达到生态市的建设标准，生态市应有80%的县达到生态县的建设标准，生态县应有80%的乡镇达到生态乡镇的建设标准；生态乡镇应有80%的行政村达到生态村的建设标准。
